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根据招标投标活动性质的不同，招标投标的行政监督部门也有所不同。
在工程建设招标项目中，招标投标的行政监督部门为行业主管部门，包括国务院工业和信息化部、住房和城乡建设部、交通运输部、铁道部、水利部、商务部、民航总局等，各部门按照规定的职责分工对有关招标投标活动实施监督管理。根据《关于国务院有关部门实施招标投标活动行政监督的职责分工的意见》，各行业主管部门的主管领域分别是：水利、交通、铁道、民航、信息产业等行业和产业项目的招投标活动的监督执法，分别由水利部、交通运输部、铁道部、民航总局、工业和信息化部负责。
各类房屋建筑及其附属设施的建造和与其配套的线路，管道、设备的安装项目和市政工程项目的招投标活动的监督执法，由住房和城乡建设部负责。
进口机电设备采购项目的招投标活动的监督执法，由商务部负责。
各行业主管部门在各自职责分工范围内主要是对招标投标过程（包括招标、投标、开标、评标、定标）中泄露保密资料、泄露标底、串通招标、串通投标、歧视排斥投标等违法活动负责监督管理，并受理投标人和其他利害关系人的投诉。
另外，根据招标投标法实施条例的规定，财政部门依法对实行招标投标的政府采购工程建设项目的预算执行情况和政府采购政策执行情况实施监督，即将财政部门在政府采购工程建设项目招标投标活动中的监管职能，主要限定在两个方面：预算执行情况和政府采购政策执行情况，所以，对于这两个方面的投诉，投诉人可以向财政部门提出。
在政府采购项目中，政府采购货物服务的招标项目应当由财政部门进行监督管理。政府采购法第13条明确规定，各级人民政府财政部门是负责政府采购监督管理的部门，依法履行对政府采购活动的监督管理职责。因此，政府采购的货物和服务项目进行招标投标的，应由财政部门进行监督管理。投诉人对于政府采购货物和服务的项目的投诉，应当向财政部门提出。
另外，需要注意的是，一般情况下，县级以上地方人民政府应当比照国务院各主管部门的职责分工设置监管职能，即县级以上地方人民政府发展改革部门指导和协调本行政区域的招标投标工作；其他有关部门按照规定的职责分工，对招标投标活动实施监督，依法查处招标投标活动中的违法行为。但是，根据招标投标法实施条例的规定，如果县级以上地方人民政府对其所属部门有关招标投标活动的监督职责分工另有规定的，应当从其规定。因此，投诉人在投诉时，还需核实招标项目所在地的地方人民政府是否对招标投标监督管理职责分工另有规定，如果另有分工的，应当严格按照其规定执行。
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